Действие разворачивается спустя 6 месяцев после событий предыдущего фильма. Фейт Тестаросса возвращается в город Уминари вместе со своим законным опекуном Линди Харлаун и живёт обычной жизнью школьницы рядом с Нанохой Такамати и её друзьями. Но их воссоединение прерывается: на героинь нападают четверо древних магов, которые называют себя «Волькенриттер» (Wolkenritter). По мере того как становятся понятны мотивы нападавших, Наноха и Фейт оказываются в гонке со временем: им нужно остановить реактивацию крайне опасного артефакта — Книги Тьмы. В сюжете также активно участвуют Хаятэ Ягами, Рейнфорс, Шамаль, Вита и другие знакомые по сериалу персонажи.